Si he entendido bien, estas usando SQL Server Integration Services para hacer las importaciones. Dynamics CRM muestra en el interfaz de usuario unicamente los trabajos de importación que se realizan usando las funcionalidades de importación del propio CRM y no otras externas.
A través del SDK es posible utilizar los trabajos de importación de dynamics crm programáticamente, y estos se mostrarían al igual que cuando se hacen a través del interfaz de usuario.
Otra opción es que marcases los registros que importas utilizando algíun valor específico en un campo personalizado (ie. un campo boolean a true o similar) y luego hacer una vista personalizada para poder filtrar los registros importados.
No sé si te he aclarado la dua, pero si no es así sigue preguntado que seguro que entre todos podemos aclararlo.
